Ο ναός του Προφήτη Ηλία βρίσκεται στη θέση «Φρούδια» και χτίστηκε την περίοδο της Ενετοκρατίας. Αρχικά χτίστηκε το μικρότερο νότιο κλίτος του Προφήτη Ελισαίου και στα μέσα του 16 ου αιώνα προστέθηκε ο μεγαλύτερος ναός του Προφήτη Ηλία αφού πρώτα κατασκευάστηκε στον αρχικό βόρειο τοίχο τοξωτό άνοιγμα επικοινωνίας.
Ο ναός καταστράφηκε κατά τον βομβαρδισμό του λόφου από τις Μεγάλες Δυνάμεις αλλά αποκαταστάθηκε με δαπάνες του Τσάρου που θεώρησε ότι η έκρηξη ενός κανονιού πάνω στη ρωσική ναυαρχίδα ήταν η τιμωρία του Προφήτη Ηλία για την καταστροφή του ναού του.
Κατά την τελευταία επανάσταση στην Κρήτη (1897) στην περιοχή του Προφήτη Ηλία ιδρύθηκε το Επαναστατικό Στρατόπεδο των Κρητών.
Το γεγονός αυτό που χαρακτηρίζει την Επανάσταση, η αυτοθυσία δηλαδή του Κρητικού πολεμιστή που έβαλε το σώμα του ενάντια στα βόλια, προασπίζοντας το μεγάλο Ιδανικό, αναπαριστά και το άγαλμα που υπάρχει στον χώρο.
Δίπλα από το ναό, έχουν ταφεί ο Εθνάρχης Ελευθέριος Βενιζέλος και ο δευτερότοκος γιός του Σοφοκλής Βενιζέλος, αρχηγός των Φιλελευθέρων και Πρωθυπουργός όπως ο πατέρας του. Στον τάφο του Εθνάρχη έχει αναγραφεί ο επικήδειός του, τον οποίο εξεφώνησε ο ίδιος στη Βουλή το 1932. Στη νότια πλευρά του τάφου είναι καταχωρημένο επί λέξει το κείμενο:
«Ο προκείμενος νεκρός αγαπητοί φίλοι ήταν ένας αληθινός άνδρας με μεγάλο θάρρος με αυτοπεποίθησιν και δι΄ εαυτόν και διά τον λαόν τον οποίον εκλήθη να κυβερνήση. Ίσως έκανε πολλά σφάλματα αλλά ποτέ δεν του απέλιπε το θάρρος ποτέ δεν υπήρξε μοιρολάτρης διότι ποτέ δεν επερίμενε από την μοίραν να ιδή την χώραν του προηγμένην αλλά έθεσε εις την υπηρεσία της όλο το πυρ που είχε μέσα του κάθε δύναμιν ψυχικήν και σωματικήν.
Επιτάφιος λόγος αυτοεκφωνηθείς από τον προκείμενον νεκρόν εν τη Βουλή των Ελλήνων την 28 Απριλίου 1932».