Μετά την κατάληψη της πόλης των Χανίων από τους Τούρκους (1645) διαμορφώνεται μια νέα κατάσταση. Οι Τούρκοι ζουν κυρίως στις ανατολικές συνοικίες Καστέλι και Σπλάντζια ενώ οι Χριστιανοί έχουν τις κατοικίες τους κυρίως στα βορειοδυτικά της πόλης. Οι Τούρκοι αποκαλούν την δυτική χριστιανική συνοικία "Tophane" που στα τούρκικα σημαίνει "οπλοστάσιο", εξαιτίας της ύπαρξης της βενετσιάνικης αποθήκης πυρομαχικών που σώζεται μέχρι σήμερα στο τέλος της οδού Θεοτοκοπούλου, και απο τότε έχει παραμείνει για την συνοικία η ονομασία Τοπανάς.
Στην περίοδο της τουρκοκρατίας αρκετά κτήρια διαμορφώνονται σύμφωνα με τις θρησκευτικές συνήθειες και ανάγκες του νέου κατακτητή ακολουθώντας έτσι τα πρότυπα της τούρκικης αρχιτεκτονικής. Το φρούριο που είχε χτιστεί απο τους Βενετούς στην είσοδο του λιμανιού για την προστασία της εισόδου του, μετατρέπεται σε στρατώνα (διατηρεί μέχρι και σήμερα την τουρκική ονομασία Φιρκάς), ενώ αργότερα τον 19ο αιώνα λειτουργεί ως φυλακή.